A propos des Acides aminées et des protéines

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A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Sam 29 Déc - 11:41

Bonjour,
je ne comprends pas comment fonctionne la réaction du DNFB et celle d'Edman. Qu'est ce qu'elles perment de mettre en évidence? Qu'est ce qu'elles coupe dans le peptide?
Merci d'avance Smile

MorganeA

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  FrancisG le Sam 29 Déc - 12:40

Bonjour,

Pour la réaction au Di-Nitro-Fluoro-Benzène;
On ajoute la molécule de Di-Nitro-Fluoro-Benzène avec le peptide a étudier, une réaction se fait alors avec l'AA N terminale. Il y a libération de fluor et hydrogène (le HF sur le schéma du cours) et un derivé di-nitro-phényle de l'AA N terminale est alors crée. On fait alors une hydrolyse complète du peptide modifié et on trouve quel AA porte le di-nitro-phényl, on identifie ainsi l'AA N terminale!

Pour la réaction d'Edman (ou réaction récurrente au Phénylisothiocyanate);
On met le peptide en présence de Phénylisothiocyanate (réactif d'edman), une réaction se fait et on obtient un dérivé phényl-thiohydantoine de l'AA N terminale qui a un spéctre qui lui est spécifique et permet donc son identification. L'AA N terminale modifié est décroché du reste du peptide et la réaction se fait de nouveau, cette fois ci avec le deuxième AA N terminale, le spectre est mesuré et on continue ainsi... (d'ou la notion de réaction récurrente)

En gros la réaction au Di-Nitro-Fluoro-Benzène ne montre que l'AA N terminale alors que la réaction d'Edman permet de séquencer le peptide
Voila, bon courage! Smile

FrancisG

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Sam 29 Déc - 12:47

Shocked J'AI COMPRIS !!! Smile MERCI Very Happy

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a.a.+Protéines

Message  MorganeA le Dim 30 Déc - 10:19

J'ai d'autre question sur le même sujet :
Comment savoir lorsqu'un acide aminé est de série L, la configuration de ses carbone asymétrique?" Dans l'isomère majoritaire de T, de série L, la configuration des deux C * est = C alfa , S et C béta, R)
Dans le mélange : DNFSR a ph=7 , bilan ds charges ioniques mélange =0. Mais chez moi ça fait +(D =- + N=+ + F= 0+ S=0+R = + )? Ou est mon erreur?
-C'est quoi le 5 méthyl tétrahydrofolate?
-J'ai aussi un problème dans la migration des acides aminées entre les polaire neutre et les non polaire.:/ Je ne vois pas lesquel vont migrer le plus, par rapport aux autres , et je ne vois pas la différence.Fin il a forcément le NH3+ et le COO- donc ils devraient tous être polaire neutre minimum.
Merci d'avance. Smile

MorganeA

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  FrancisG le Dim 30 Déc - 12:20

Alors,

Pour déterminer la configuration des carbones asymétriques d'un AA;
La série L ou R se referent a l’isomérie optique du carbone alpha; l'AA est de série L (left) lorsque le NH2 se projette de coté gauche de la chaîne en representation de Fisher et inversement pour le R (Right), les AA naturelles sont de série L. Apres pour la configuration des C asymétriques c'est exactement la même technique que l'on voit en cours de chimie.
Pour la L-thréonine la configuration est bien C alpha = S et C béta = R. Attention a bien connaitre la différence entre L-Thréonine et L-allo-Thréonine en projection de Fisher (le coté du OH sur le C béta)qui peut etre sujet a pieges!

Pour DNFSR a pH 7 les fonctions ionisables sont le NH2 du début du péptide, le COOH a la fin du peptide, le COOH du résidu de D et le noyaux Guanidium du résidu de R (!!! le N ne porte pas de fonctions ionisables sur son résidu!!!) On a donc bien un peptide neutre a pH 7 (NH3+,COO-,NH2+,COO-)
Les AA qui ont des résidus avec fontions ionisables sont: Les AA di-carboxyliques (D et E) et les AA Basiques (H, R et K) (et surtout pas les dérivés amides des AA dicarboxyliques!!!)

Le 5 méthyl tétrahydrofolate est un Coenzyme (regarde dans la partie ''facteurs foliques'' du cours de CoEnzymes Wink )

Pour la migration des AA (sous chromatographie de partage j'imagine) je pense que plutôt que de prendre le terme d'apolaire au sens stricte il faut plutôt voir par la ''caractère apolaire'', c'est a dire hydrophobe. Il y a des AA qui sont plutôt hydrophobes; L,I,F,W,V,Y,A... (AA aliphatiques et aromatiques +++) et des AA plutôt Hydrophiles; E,R,D,K... (+++ AA avec des résidus ionisables). Il faut savoir si un AA a un caractere plutot apolaire ou polaire mais normalement vous n'aurez pas a classer les AA hydrophiles par degré d'hydrophobicité.
Par example il y a des QCM qui pourront demander: Quel AA migrera le plus loin en chromatographie de partage avec solution apolaire; F ou E (réponse = F) mais pas entre F et W normalement!

FrancisG

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Dim 30 Déc - 12:34

Mais par exemple si j'ai la sérine qui est polaire neutre avec la valine qui est non polaire? :/

MorganeA

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Dim 30 Déc - 12:38

Et pour les configuration, je ne vois pas comment savoir si le H est devant ou derrière. NH3+ -- CH--COO il est devant ou derrière le H?
/
CHOH
/
CH3

MorganeA

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  FrancisG le Dim 30 Déc - 12:50

la serine (polaire neutre comme tu a dit) va donc migrer moins loin que le A qui est apolaire (si le solvant utilisé est apolaire et le support est polaire).

Alors pour savoir comment placer les atomes il faut regarder comment on obtient la projection de Fisher (cours de chimie);
On place la chaine carbonnée principale verticalement avec les deux ''bras'' qui viennent vers l'avant.



FrancisG

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Dim 30 Déc - 14:30

J'ai compris !!Very Happy Merci !Smile

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  FrancisG le Dim 30 Déc - 14:33

pas de problème, bon courage!

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Dim 30 Déc - 15:20

A propos du concours blanc de l'an dernier QCM6 :
Extraits " Les cinétiques de réaction du phénylisothiocynate sur ce peptide libèrent des dérivés phénylthiohydantoïdes de M et de S par ordre décroissant" Donc pour moi ca veut dire que dans l'ordre de libération, on a S et M pourtant a la question : " la sérine est l'acide N terminal du peptide "pep" c'est faux. Pourquoi?
Et aussi je dois avoir un problème de peptide parce que moi j'ai :
SMR(peptide I)/ MDCK (peptid IIa)/TCF (peptide IIb) ou SMR(peptide I)/ DCK( peptide b)/ MTCF (peptid 2a)
(je ne vois pas ce qui dans l'énoncé m'aurait permis de trouver et ce qui est faux.)

-Un site de N glycosilation c'est : Arg/X/ Sérine ou Thréonine. Donc pour moi le QCM7a serait vrai. Pourquoi c'est faux? Pck on ne peut pas le lire dans le sens T/X/R ou pck mon peptide est faux?

Merci d'avance!Smile

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  FrancisG le Lun 31 Déc - 10:55

Je n'ai plus l'énoncé du CCB de l'année dernière, est ce que tu peux la mettre s'il te plait?

Je peux déjà te dire que pour la réaction du phénylisothiocynate si on trouve des dérivés phénylthiohydantoïdes de M et de S par ordre décroissant (c'est a dire [M]>[S]) alors c'est que le début du peptide est M-S-.... En effet, je ne l'ai pas expliqué en entier plus haut mais lorsque on fait la réaction du phénylisothiocynate on fait réagir le phénylisothiocynate avec plein de copies du peptide (en non pas un seul comme on pourrait le croire sur les schémas du cours). Vu que la réaction se fait en chaîne (d'abord le 1er AA N terminale est détaché, PUIS le 2eme, PUIS le 3eme) il est logique que l'on obtienne des concentrations plus elevés de l'AA N terminale (premier a être détaché) que du deuxieme; [1er AA Nterminale]>[2eme]>[3eme] etc...

Apres pour les glycosilations des AA; L'asparagine (N) est le seul qui pourra être N-glycosilé (l'ose se fixe sur le NH2 de son résidu)
Le S et le T peuvent être O-glycosilés (fixation sur le OH)

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

Message  MorganeA le Mar 1 Jan - 16:25

Ha ben j'ai compris !Very Happy Pas besoin du sujet du QCM!Smile MERCI!Very Happy (ce n'est qu'un merci de courte durée car je vais faire des glucides ou lipides dans la soirée . ^^ ) Bonne année ^^

MorganeA

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Re: A propos des Acides aminées et des protéines

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